นอกจากเมาส์แบบปกติที่กล่าวมาแล้ว ซึ่งมักจะเป็นเมาส์แบบใช้ด้วยมือ แต่ยังมีเมาส์แบบอื่น ๆ อีก โดยทำสำหรับผู้ที่มักมีปัญหาเกี่ยวกับข้อมือเมื่อใช้เมาส์เป็นเวลานาน ๆ และผู้ที่ใช้เมาส์แล้วรู้สึกไม่สะดวก ซึ่งเมาส์แบบพิเศษนี้มีรูปแบบต่าง ๆ กันดังนี้

• แทร็กบอล (Trackball) ใช้งานโดยการเคลื่อนลูกบอลบนแท่น
• มินิเมาส์ (Mini-mouse) เมาส์ที่มีขนาดเท่าไข่ไก่ ซึ่งออกแบบมาเพื่อสะดวกต่อการพกพา มักจะใช้กับแลปทอป
• แคเมราเมาส์ (Camera mouse) กล้องที่จะจับการเคลื่อนที่ของศีรษะแล้วเลื่อนเคอร์เซอร์บนจอไปตาม
• พาล์มเมาส์ (Palm mouse) ใช้ถือไว้ในมือ และสามารถเร่งความเร็วของเมาส์ได้โดยการกดให้แรงขึ้น
• ฟุตเมาส์ (Foot mouse) ใช้เท้าในการควบคุมแทนการใช้นิ้วมือกด
• จอยเมาส์ (Joy-Mouse) เป็นการรวมกันระหว่างเมาส์และจอยสติก โดยใช้การโยกจอยแทนการเลื่อนเมาส์